Hernández llegó a las inferiores de San Lorenzo en 2016, luego de haber jugado en Huracán de San Rafael de Mendoza, su lugar de nacimiento. Sin lugar en el club tras ser parte importante en la Reserva bicampeona de 2019, le tocó irse a préstamo a San Martín de San Juan a mediados del 2020 y tuvo que regresar de manera anticipada debido a una rotura de ligamentos que sufrió en junio de 2021.
Recuperado de la lesión, debutó en la Primera del Ciclón durante el interinato de Fernando Berón ya con 24 años, en abril de 2022 en un partido contra Platense. Ya cuando llegó Insua empezó a tener mayor protagonismo y nunca perdió el puesto. Se marchará con 72 partidos disputados con la camiseta azulgrana y tres goles.
Aunque faltan algunos detalles, Gastón Hernández, uno de los defensores centrales de San Lorenzo, estaría vendido a Olympiacos de Grecia este martes a cambio de cuatro millones de dólares por el 80 por ciento del pase y luego de no entrenarse con el grupo esta mañana ya se despidió del plantel, de la dirigencia y del cuerpo técnico.
La oferta inicial fue de 2.700.000 dólares por el 80 por ciento, pero fue rechazada, por lo que luego la subieron y finalmente acordaron el traspaso del jugador que es uno de los titulares fijos que tiene el técnico Rubén Dario Insua, quien lo incluyó en todos los partidos del 2023 en la Copa de la Liga Profesional, la Copa Argentina, la Sudamericana y en 23 de los 27 partidos de la Liga Profesional.
